Plateformes biotechnologiques

Plateforme de bio-informatique - BiRD

La plateforme BiRD propose et développe des services d’analyse de données génomiques issues du séquençage haut débit. Elle possède une expertise dans le développement de pipelines dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique. Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée accessible à distance et ouverte à la communauté scientifique.

La plateforme BiRD travaille conjointement avec la plateforme génomique de Nantes. Ensemble, les deux plateformes constituent GenoBiRD.

Expertises techniques

Analyse de données NGS, infrastructure informatique dédiée.

Responsable : Richard Redon
Responsable technique : Audrey BIHOUÉE

Adresse : 8 Quai Moncousu BP 70721 44007 Nantes

Adresse mail : Audrey.bihouee@univ-nantes.fr

Téléphone : +33 (0)2 28 08 00 55

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Plateforme de génomique de Nantes

La plateforme Génomique propose une offre de service à la communauté scientifique des sciences de la vie. Elle prend en charge des projets liés aux applications de :

  • Séquençage massif (New Generation Sequencing)
  • Génotypage haut-débit
  • Puces à ADN

L’offre de service comprend également une mise à disposition de ressources en accès libres incluant une formation et un accompagnement technique par le personnel de la plateforme.

La plateforme génomique de Nantes travaille conjointement avec la plateforme BiRD qui peut prendre en charge l’analyse bioinformatique des projets. Ensemble, les deux plateformes constituent GenoBiRD.

Expertises techniques :

Séquençage de génomes ou exomes entiers, génotypage haut-débit (sur puces Affymetrix Axiom), RNA-Seq, DGESeq

Equipements spécifiques :

  • Séquenceur Illumina MiSeq
  • Bioanalyseur Agilent 2100
  • TapeStation 2200
  • Scanner Innoscan 900
  • Lightcycler 480 Real-Time PCR System
  • Sonicateur Bioruptor Diagenode
  • Sonicateur Covaris M220

Responsable : Richard Redon
Responsable technique : Stéphanie BONNAUD

Adresse : 8 Quai Moncousu BP 70721 44007 Nantes

Adresse mail : pf-genomique@univ-nantes.fr

Téléphone : +33 (0)2 28 08 01 60

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Plateforme iPSC Nantes

La plateforme iPSC est dédiée à la culture et aux techniques spécifiques des cellules souches pluripotentes (humaines et non humaines) et plus particulièrement à la reprogrammation de cellules adultes en cellules souches pluripotentes induites (iPSC). Par exemple, reprogrammer des cellules de la peau en cellules souches pluripotentes.

Les cellules souches pluripotentes ont le potentiel de se différencier en tout type de cellules présentes chez l’adulte, ce qui en fait un outil de choix pour les approches de médecine régénérative, de recherche de nouveaux médicaments et l’étude de maladies génétiques.

Expertises techniques :

Reprogrammation cellules iPSC ; Différentiation progéniteurs neuronaux et neurones matures ; Production d’organoïdes cérébraux

Equipements spécifiques :

  • Laboratoire L2 (niveau de confinement du risque biologique)
  • 7 PSM (Postes de Sécurité Microbiologique)   
  • 8 incubateurs dont deux incubateurs trigaz qui permettent de placer les cellules en hypoxie (quantité d’oxygène réduite)
  • 2 cryoconservateur -150°C et -80°C
  • 3 microscopes inversés
  • 2 loupes

Responsable de la plateforme : Laurent DAVID

Adresse : 8 quai Moncousu – BP 70721 – 44007 – Nantes

Adresse mail :  pf-ipsc@univ-nantes.fr

Téléphone : +33 (0)2 28 08 01 46/49

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Plateforme de protéomique PROTIM

La plate-forme Protim offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l’analyse des protéomes, depuis l´identification sensu stricto de protéines jusqu’à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur.

La plate-forme consacre sa R&D à deux axes de recherche :

  1. Développement de solutions innovantes en imagerie par spectrométrie de masse MALDI pour la toxicologie mécanistique et réglementaire et pour la recherche in situ de biomarqueurs de pathologies.
  2. Développement d’approches de protéomique intégrative et de protéogénomique pour l’extraction d’informations biologiques pertinentes à partir de jeux de données de protéomique à grande échelle sur des échantillons complexes.

Expertises techniques :

Protéomique shotgun et différentielle, analyse de modifications post-traductionnelles, imagerie par spectrométrie de masse

Equipements spécifiques :

  • TimsTOF Pro (Bruker Daltonics)
  • LTQ-Orbitrap XL (Thermo Scientific)
  • MALDI TOF TOF UltrafleXtreme (Bruker Daltonics)
  • FTICR SolariX 7T Paracell combisource
  • ESI/MALDI (Bruker Daltonics)
  • Nanomate LESA-enabled (Advion)
  • M5 Sprayer (HTX Imaging)

Responsable de la plateforme : Charles PINEAU

Adresse : Campus de Beaulieu, bâtiment 24, 263 avenue du général Leclerc Université de Rennes1, 35042 Rennes

Adresse mail :  proteome@univ-rennes1.fr

Téléphone : +33 (0)2 23 23 59 73

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Plateforme LentiVec

La plate-forme LentiVec permet la construction à façon, spécifique à une séquence d’intérêt, la production et titration d’un vecteur lentiviral. Plus généralement, elle fournit aux différentes équipes du Grand Ouest un savoir-faire et une expertise en transfert de gènes. Pour l’ensemble de ces techniques, LentiVec propose aux utilisateurs :

  1. une aide à la définition des projets
  2. la production en tout ou partie du vecteur lentiviral
  3. la fourniture de devis et de factures pour chaque projet.

L’ensemble des prestations proposées s’inscrit dans le cadre d’une démarche qualité et de garantie de la confidentialité des données.

Ces prestations respectent la législation en vigueur sur les organismes génétiquement modifiés.

Expertises techniques :

Production de vecteurs lentiviraux

Equipements spécifiques :

  • Laboratoire confinement L2+
  • Laboratoire confinement L3
  • Centrifugeuses à haute vitesse
  • Agitateur de culture bactérienne Innova 400
  • Microscope fluorescent à phase inversé Axiovert A1
  • Microscope Olympus inversé CK30
  • Incubateurs CO2 HEPA Class 100
  • Electroporateur Biorad GenPulser
  • Infors HT Multitron Standard
  • Etuve BE500
  • Thermocycleur PTC-≠200
  • Cellometer AutotT

Responsable de la plateforme : Guillaume PODEVIN / Sébastien BONI

Adresse : LentiVec Bâtiment IBS-IRIS (2ème étage) CHU Angers 4, rue Larrey 49933 Angers Cedex 09

Adresse mail :  lentivec@gmail.com

Téléphone : +33 (0)2 44 68 84 62

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